微生物在水產養殖環境及其生物循環中扮演著至關重要的角色。它們能夠直接或間接地作用于養殖生物和它們所處的環境，有效地分解有機物，如養殖生物的排泄物、未被攝食的餌料以及浮游植物的殘余體等。同時，通過微生物鏈的復雜作用，包括氧化、還原、光合作用、同化和異化等過程，這些有機物被轉化為更簡單的化合物，從而確保水質的穩定和養殖生態系統的平衡。

在碳的循環中，微生物發揮著核心作用。它們通過各種含碳化合物的轉化，特別是那些只含碳而無氮的有機物，進行發酵和氧化作用。在水環境的表層有氧區域，微生物通過氧化作用將含碳物質轉化為二氧化碳，供植物進行光合作用。而在底層無氧區域，無氧發酵作用則成為主導，同樣使含碳物質轉化為二氧化碳，為植物的光合作用提供原料。

在氮的循環中，微生物同樣占據著主導地位。氮是促進或限制水產養殖生態系統中物質和能量轉化的關鍵因素，也是浮游植物生長的限制性營養元素之一。微生物在這一循環中的作用體現在多個方面：氨化作用將含氮有機物分解為氨；硝化作用則將氨氧化為硝酸；反硝化作用將硝酸鹽還原為更簡單的氮化物；而固氮作用則是將游離的氮分子活化，形成氮化物。這些過程共同維持著養殖水體中氮的平衡。

磷的循環也離不開微生物的參與。磷作為浮游植物生長的另一限制性營養元素，其對水體初級生產力的限制作用甚至超過氮。磷在養殖環境中以溶解無機磷、溶解有機磷和顆粒磷三種形式存在，這三種形式之間的轉化在微生物的作用下構成了一個復雜而重要的動態循環。

此外，在硫的循環中，微生物同樣發揮著關鍵作用。硫在養殖環境中以多種氧化態存在，包括硫化物、硫化氫等。許多微生物能夠利用硫酸鹽作為硫的*來源，將其轉化為有機的硫氫基化合物。

綜上所述，微生物在水產養殖水環境的修復和元素循環中起著不可或缺的作用。它們通過碳、氮、磷、硫等元素的循環轉化，維持著養殖環境的動態平衡。這不僅有助于抑制有害生物的生長，形成有益的微生物菌群，還能有效地分解有機物，消除有害物質，如氨氣、硫化氫以及過量的氮和磷等。從而凈化水質，減少水產養殖動物疾病的發生，提高其成活率，促進養殖動物的健康生長。