現代工廠化循環水養殖中成本支出在飼料上，約占總費用的60%左右。根據相關資料顯示，投喂的飼料僅有25%~35%被魚類吸收利用，65%~75%左右的飼料殘余在水中或者形成糞便作為代謝產物進入水中，殘餌和排泄物在水中分解并消耗溶解氧，生成氨氮、亞硝酸鹽等有害物質，影響魚類的生長。

眾所周知，循環水養殖飼料利用率高，主要是循環水養殖對水質進行嚴格處理。傳統養殖過程中，很多時候會出現投喂過多的情況，這導致水質迅速惡化，而工廠化循環水養殖需要水體凈化、調溫殺毒后再重新使用，依照科學方式定量定時的投喂，在根據魚的生長情況進行調整，程度的控制水體污染。水質好了，魚類的攝食量就好提高，也就變相提高了飼料利用率。

除了控制水質外，投喂次數、飼料品質、投飼時間、投飼方式、投喂率、飼料顆粒規格都會影響到投喂利用率的。每一種魚，在養殖的不同階段對飼料的需求也是不一樣的。在幼苗時期選擇蛋白質水平高的，檔次較好的飼料，到成魚階段可適當降低蛋白質。同時飼料的規格（直徑、長度）與魚類口徑也會影響到飼料利用率，要根據魚類口徑大小選擇合適的飼料，否則會魚群攝食量下降，造成飼料浪費。

投喂方式也會影響飼料利用率，目前主要的投喂方式有人工和機械投喂，人工投喂可控性強，可省去投喂機和電費的投入，但在大規模集約化養殖中并不適合使用。飼料在水中覆蓋面少，分布不均勻，入水位置不確定，魚類攝食不均勻，飼料殘量多，惡化水質。一般集約化養殖多數使用投喂機，飼料分布均勻，覆蓋面大，有利于魚群均勻攝食，魚體規格較為一致，同時也可以做到定時、定量、定點投喂，控制了投喂量，相較于人工投喂，可節約7%——8%的飼料。